Patrona de Álora, donde hoy está situada la iglesia, se situó el campamento de las tropas cristianas durante la reconquista de la ciudad, teniendo lugar una misa antes de proceder a la batalla en la que se vencerían a los musulmanes que poblaban el castillo de Álora. Por dicho motivo, éste fue el lugar elegido para la construcción de la pequeña ermita. Las obras fueron realizadas por repobladores procedente de Encinasola y Cumbre Bajas. Ellos solicitaron a la reina que la Virgen se llamara de las Flores pues era la devoción que existía en sus pueblos.